Jacques era hijo de Daniel Cousteau, un abogado que trabajaba para una empresa ferroviaria y cuya carrera lo obligaba a mudarse constantemente. De niño, vivió en Marsella, en París y hasta en Nueva York, donde pasó parte de su adolescencia. En Estados Unidos aprendió inglés y se fascinó con las máquinas y la mecánica. Era un chico curioso, que prefería desarmar relojes antes que jugar al fútbol. Su paso por internados franceses forjó un carácter algo solitario, pero muy observador.

Fue durante su recuperación que un amigo le prestó unas rudimentarias gafas para nadar. Cousteau probó sumergirse en el mar de la costa mediterránea y el descubrimiento fue revelador. “Desde la primera vez que abrí los ojos bajo el agua me sentí hechizado”, diría después. Encontró en la inmersión algo más profundo que un pasatiempo: era una forma de volar, pero en otro elemento. La flotación le ofrecía la libertad que le habían quitado los huesos rotos.